Na kolekcję indonezyjską składają się głównie księgi balijskie oraz batackie, powstałe w większości w 2. poł. XIX lub 1. poł. XX wieku.

Z Bali pochodzą manuskrypty na liściach palmowych, zawierające przede wszystkim teksty o tematyce medycznej i magicznej często związanej z tradycją usada. Zostały one spisane w piśmie i języku balijskim oraz w języku starojawajskim. Młodsze egzemplarze zawierają głównie przedstawienia z eposu Ramajana.

Szczególnie zagadkowy jest manuskrypt MAP 4278. Jest on spisany w lokalnej odmianie pisma starojawajskiego, pochodzącej najprawdopodobniej z wyspy Lombok. Manuskrypt nosi ślady użytkowania, a nawet tradycyjnych zabiegów naprawczych.

Znaczącą częścią kolekcji indonezyjskiej są także manuskrypty pochodzące z północnej Sumatry. Teksty spisano w dwóch odmianach pisma i języka batackiego, którymi posługują się grupy Bataków Toba i Simalungun. Wśród nich można wyróżnić księgi kapłanów datu wykonane na korze (tzw. pustaha) oraz inskrypcje na bambusowych tubach. Na uwagę zasługuje także amulet składający się z drewnianych deszczułek. Kilka egzemplarzy powstało prawdopodobnie na potrzeby europejskich kolekcjonerów. Są to np. inskrypcja na łopatce wołu, czy pojemniki zdobione tradycyjnym kalendarzem.

Manuskrypty balijskie zostały opracowane przez dr Andreę Acri (École Pratique des Hautes Études, PSL Université), natomiast księgi batackie opisała Roberta Zollo (Centre for the study of Manuscript Cultures, University of Hamburg).